Su deposu temizliği yapabilmek için su deposu temizliği yönetmelik bilgilerini ve yetkisini elinde bulunduran firmalar ile iletişim kurmak büyük önem taşımaktadır. Zira kimyasal ve biyolojik açıdan insan sağlığını doğrudan etkileyen su söz konusu olduğunda yapılacak en ufak bir yanlış sonu bulaşıcı hastalıklarla sonuçlanabilecek bir durumun ortaya çıkmasına neden olabilir. Bu yüzden Su deposu bakım ve talimatları konusunda yapılması gereken ilk konu su deposunun yapısını ele almak olmalıdır. Eğer özel bir sipariş üzerine satın alınmış plastik gövdeli bir su deposu temizliği söz konusu olacaksa farklı bir prosedür ilenmeli eğer bir bodrum katının izolasyonu ile bir su deposu elde edilmişse daha farklı bir prosedür izlenmelidir.
Su deposu temizliği için en önemli kural deponun tamamen boşaltılması ve bu adımdan sonra temizliğe başlanması gerekliliğidir. Zira tam manası ile boşaltılmayan depolarda sadece kaba temizlik söz konusu olabilmektedir. Bu yönü ile alındığında kaba temizliğe müdahale edildiğinde su içinde çözülen kir deponun diğer bölgelerine de karışacaktır. Yapılması gereken bu noktada deponun içindeki su miktarını tamamen boşaltarak deponun içinde kuru bir ortamın oluşması gerekliliğidir. Bu ortam oluşturulduktan sonra temizlik yapılacak deponun içinde yer alan kaba kir temizlendikten sonra depo içine çizme ve tulum ile girilerek çamaşır suyu ile temiz suyun karışımı ile hazırlanan özel karışım ile depo içinde bütün noktalar özenle fırçalanır. Bu işlem için mutlaka depo içine yeterli seviyede ışık desteği aydınlatma desteği verilmelidir. Temizliği yapan personelin tam manası ile temizlik yapabilmesi için bu büyük önem taşımaktadır. Fırçalama işlemi sona erdiğinde depo içinin tazyikli su ile yıkanması hem kirin tam manası ile sökülmesi için hem de çamaşır suyunun etki alanının azaltılması için büyük önem taşımaktadır. Bir sonraki adımda temizlik yapılan depoya komple su takviyesi yapılarak deponun içinde durulama sirkülasyonu hazırlanmalıdır. Bu sayede depo içinde kalabilecek suyun tamamen dışarı atılması sağlanacak deponun tam manası ile temiz su ile dolduğundan emin olunacaktır. Ayrıca sudan numune alıp inceleyerek içeriğin %100 temiz olduğundan emin olmak fayda sağlayacaktır.